A szövettan, citológia és egyéb, rokon tudományos diszciplínák a szövetek és sejtek mikroszkópiás szerkezetét tanulmányozza. Ahhoz, hogy kiválóan láthatóvá tegyük a szöveti és sejtes struktúrákat, elengedhetetlen a minták helyes festése. A Congo Red a biokémiai és szövettani technikákban amyloid lerakódások jelölésére alkalmas. Az amyloidok nem vízoldékony fibrosus proteinek csoportjai. Az amyloid felhalmozódása szervekben és szövetekben az amiloidózis okozója. A festék alkalmazható mikrobiológiai epidemiológiai vizsgálatokban a virulens Shigella flexneri 2a szerotípusának detektálására is. A festék a bakteriális lipopoliszacharid struktúrához köt. A Congo Red pH indikátorként is használható, mivel színe pH 3.0 – 5.2 között kékről vörösre változik.