A szövettan, citológia és egyéb, rokon tudományos diszciplínák a szövetek és sejtek mikroszkópiás szerkezetét tanulmányozza. Ahhoz, hogy kiválóan láthatóvá tegyük a szöveti és sejtes struktúrákat, elengedhetetlen a minták helyes festése. Az eosin Y savas (anionos) festék, amely az acidofil (eosinofil) szöveti struktúrákat rózsaszín–vörös színűre festi. Az eosin elsősorban elektrosztatikus (ionos) kölcsönhatások révén fejti ki hatását, és a pozitív töltésű (bázikus) csoportokhoz – különösen a fehérjék aminocsoportjait – tartalmazó szöveti alkotóelemekhez kötődik. Ennek következtében intenzíven festi a fehérjében gazdag struktúrákat, például a legtöbb sejt citoplazmáját, a kollagénrostokat, az izomrostokat, valamint a vörösvértesteket, amelyek magas hemoglobintartalmuk miatt szintén erősen festődnek. A standard hematoxylin–eosin (H&E) festési eljárás során a hematoxylin a sejtmagokat kékeslilára, míg az eosin a citoplazmát és az extracelluláris fehérjéket rózsaszínre festi. Az eosin a Papanicolaou-festés során alkalmazott festékoldatok egyik összetevője is, amelyet citológiai minták festésére használnak. Emellett széles körben alkalmazzák számos egyéb szövettani festési eljárásban, valamint a hematológiai minták festésére szolgáló polikromatikus Romanowsky-típusú festékoldatok előállításában.