A szövettan, citológia és egyéb, rokon tudományos diszciplínák a szövetek és sejtek mikroszkópos szerkezetét tanulmányozza. Ahhoz, hogy kiválóan láthatóvá tegyük a szöveti és sejtes struktúrákat, elengedhetetlen a minták helyes festése. Az Acridine Orange festék por számos típusú fénymikroszkópos festéshez alkalmazható. Fluoreszcens festékként RNS és DNS differenciálására használatos. Egyéb felhasználása többek között a savas mucinok jelölése és az apoptózis detektálás. Az Acridine Orange a cytogenetikában is alkalmazható DNS és DNS-gazdag struktúrák láthatóvá tételére kromoszómák C-sávozása esetén.