Az Acridine Orange festék oldat számos típusú fénymikroszkópos festéshez alkalmazható. Fluoreszcens festékként RNS és DNS differenciálására használatos. Egyéb felhasználása többek között a savas mucinok jelölése és az apoptózis detektálás. Az Acridine Orange a cytogenetikában is alkalmazható DNS és DNS-gazdag struktúrák láthatóvá tételére kromoszómák C-sávozása esetén. Az Acridine Orange festék oldattal vérkenetekben detektálhatók a mikroorganizmusok.