A fagyasztott szövetminták alkalmazása gyakori olyan esetekben, amikor gyors diagnózis felállítására van szükség, illetve amikor aldehides fixálásra és hosszan tartó szövetfeldolgozásra érzékeny antigének kimutatása a cél. Általánosságban elmondható, hogy a fagyasztott metszetek lényegesen jobb antigénmegőrzést biztosítanak a paraffinba ágyazott metszetekhez képest, mivel előállításuk során elmarad a túlzott fixálás és az elhúzódó szövetfeldolgozás, így az antigének natív állapotukban maradnak fenn. Megfelelő minta előkészítés esetén a szövettani morfológia jó minőségű, azonban nem éri el a paraffinba ágyazott minták morfológiai színvonalát, ami a hosszabb ideig tartó fixálásnak tulajdonítható. A kriosztátos minták metszése technikailag kihívást jelent, különösen meszesedett szövetek, illetve magas lipidtartalmú minták esetében.