A szövettan, citológia és egyéb, rokon tudományos diszciplínák a szövetek és sejtek mikroszkópos szerkezetét tanulmányozza. Ahhoz, hogy kiválóan láthatóvá tegyük a szöveti és sejtes struktúrákat, elengedhetetlen a minták helyes festése. A Methylene Blue festék por különböző mikroszkópos festési eljárásokban alkalmazható. Felhasználható Romanowsky-féle polikromatikus metilénkék előállítására, valamint a csontvelő-, állati és növényi minták festésére szolgáló polikromatikus festékek összetevőjeként. A Methylene Blue elsődleges festékként szolgál a saválló baktériumok Ziehl–Neelsen-módszer szerinti kimutatásában, amely során a Löffler-féle metilénkék reagenst alkalmazzák.