Az MSH6 az MSH2 heterodimerje, amely a G/T mismatch tartalmú DNS láncokhoz kötődik. Az MSH2-MSH6 komplex felismeri az egy bázisos mispair inszerciós/deléciós hurkot. A mikroszatellita ismétlődésekben bekövetkezett változás a DNS replikáció során történő szál-elcsúszás eredménye, melyet mikroszatellita instabilitásnak nevezünk (MSI). A DNS repair mechanizmusainak sérülése összefüggésbe hozható az emberi karcinogenezissel. Tanulmányok igazolják, hogy az MLH-1, MSH2 és MSH6 gének mutációja a sporadikus colorectális carcinoma kialakulásához vezet. A mismatch DNS repair mechanizmusa elengedhetetlen a genetikai információ integritásának megőrzéséhez.