Ez az antitest a 38 kDa molekulatömegű, synaptophysinként azonosított fehérjét ismeri fel. A normál neuroendocrin sejteket jelöli a humán mellékvese velő, carotistest, bőr, agyalapi mirigy, pajzsmirigy, tüdő, pancreas, gasztrointesztináls mucosa, GI traktus Paneth sejtek és gyomor parietális sejtek területén. Az agy, gerincvelő és retina idegsejtjei szintén jelölődnek. A Chromogranin A és NSE antitestekkel kombinálva az anti-synaptophysin hasznos a normál neuroendocrin sejtek és neuroendocrin neoplasmák elkülönítésében.